Die Krankenhausapotheke des FEK bietet mit ihren 5,5 Apothekern und insgesamt ca. 30 Mitarbeitern das gesamte Spektrum der modernen Krankenhauspharmazie an. Abgedeckt werden die Felder der Arzneimittelinformation, der Förderung der Arzneimitteltherapiesicherheit und der pharmazeutischen Logistik für das eigene Haus sowie weitere Krankenhäuser und Rettungsdienste mit insgesamt über 1000 Betten. Darüber hinaus übernimmt die Krankenhausapotheke auch die Versorgung des FEK mit Medizinprodukten aller Art. Eine wichtige Rolle spielt die Eigenherstellung mit der zentralen Zytostatikaherstellung des Hauses, der Herstellung weiterer steriler Arzneimittel sowie einer aktiven Rezeptur.

Die Apotheke des FEK praktiziert bereits seit den 1990ern als erste Krankenhausapotheke in Schleswig-Holstein die patientenindividuelle Verblisterung von Arzneimitteln (Unit-Dose), mit der mittlerweile alle Patienten der Erwachsenenstationen des Hauses versorgt werden können. Die Krankenhausapotheke des FEK ist eine zugelassene Weiterbildungsstätte für Klinische Pharmazie und beschäftigt regelmäßig Famulanten.

Seit 2019 wird der Bereich der patientennahen Klinikpharmazie ausgebaut und umfasst derzeit die Unterstützung zweier Kliniken im Bereich der Arzneimittelanamnese sowie die regelmäßige Visitenbegleitung in einer Klinik.